EndNote
EndNote 是目前中国科研人员使用最多的文献管理软件，作为Thomson Scientific 公司的官方软件，支持国际期刊的参考文献格式有3776 种，写作模板几百种，涵盖各个领域的杂志。EndNote的功能十分强大，可直接连接上千个数据库，并提供通用的检索方式，而且所占用的系统资源很小，不用担心死机，且可至少管理数十万条参考文献等等。是写SCI论文的作者最常用的软件。
Mendeley
这款免费的文献管理软件，被很多人封为神器，难怪爱思威尔会以一亿美元的价格收购它。Mendeley支持在PC和移动端云管理文献，除了拥有所有参考文献管理软件的基本功能外，Mendeley也是科研人员进行学术交流的平台，用户可以通过就不同主题对文献进行分组（Groups）实现文献管理。这些Groups一方面是文献分类的载体（类似于文件夹），同时还具有社交网络的属性。
Zotero
Zotero是开源的文献管理工具，可以方便的收集，组织，引用，和共享文献的工具，它的最大优点是能够对在线文献数据库网页中的文献题录直接抓取。如我们打开SD数据库中的某篇文献的网页，在安装有Zotero的Firefox的地址栏末端会出现一个“页面”标志。有许多国内的科研人员利用EndNote 和Zotero之间的不同功能交换使用，互补优缺点，是一个很好的办法。
ReadCube
相较于传统的管理软件的设计界面，ReadCube绝对是一股清流，或许也因此捕获了不少科研人员的心。当向库中添加一篇 PDF 格式的文献时，ReadCube应用会连接网络分析， 获取本篇文献的标题、作者、摘要、期刊、参考文献等相关信息，免去了手工输入的繁琐。并且自带PDF阅读器，可内部搜索，数据来源Google Scholar和Pubmed。
